单位在查询员工的个人案底时，应遵循以下流程和规定：

**员工提供无犯罪记录证明** ：

- 员工可主动到公安机关申请开具无违法犯罪记录证明。

- 员工依法享有隐私权，个人案底属于个人隐私，公安机关一般不提供查询服务，除非员工本人申请。

**单位查询员工案底** ：

- 单位可以到员工户籍所在地的公安机关申请查询。

- 需要提供相应的书式材料，并经过审核通过后才能进行查询。

- 查询时，单位应对被封存的犯罪记录情况予以保密。

**法律依据** ：

- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十六条规定，犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的，相关犯罪记录应当封存。

- 《民法典》第一千零三十二条规定，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得侵害。

**注意事项** ：

- 如果员工在犯罪时不满十八周岁，并且被判处五年有期徒刑以下刑罚，其犯罪记录会被封存，单位在查询时应遵守相关法律规定。

- 查询案底的单位通常是公安机关、安全机关、人民检察院和司法行政机关。

- 对于被网上通缉的个人，可以在任何地方的任何公安机关专用网上查到。

请根据这些规定和流程进行查询，并确保在合法和正当的范围内进行操作。