总分公司在进行报税和做账时，应遵循以下基本流程：

税务登记：

总分公司均需办理税务登记，明确税种及申报方式。

若分公司独立核算，则需独立进行税务登记。

账务处理：

总公司负责编制合并财务报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表等。

分公司若独立核算，则需根据税法规定独立编制财务报表。

财务报表编制：

总公司根据合并财务报表编制纳税申报表。

分公司若独立核算，则需根据独立财务报表编制纳税申报表。

纳税申报：

总公司汇总所有分公司的财务数据，统一进行纳税申报。

分公司若独立核算，则需独立进行纳税申报。

税务筹划与咨询：

代理记账公司或总公司可提供税务筹划方案，并定期进行财务分析与咨询。

零申报处理：

即使分公司当期无收入或利润，也需按规定进行零申报。

年度财务报告审计：

公司应在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。

跨地区税务政策：

若总分公司不在同一地区，需注意跨地区税务政策的差异，确保按各自区域的税务规定进行申报和缴纳。

资料交接与审核：

总分公司需将财务票据、银行对账单等相关资料交接给代理记账公司进行审核。

税务筹划与申报：

根据企业实际情况，制定合理的税务筹划方案，并按照规定的纳税申报期限和程序进行各类税种的申报。

划重点，以上流程可能因地区、企业类型和具体税务政策的不同而有所变化。建议咨询当地税务部门或专业税务顾问以获取最准确的信息。