新公司申报个人所得税的流程通常包括以下几个步骤：

税务登记：

向主管税务机关申报并提供公司相关信息，如营业执照、组织机构代码、开户许可证等。

办理税务登记证书，准备纳税特别登记表，包括企业税务登记表、企业财务报表、企业法定代表人身份证明等。

人员信息采集：

登录电子税务局，进入“自然人电子税务局（扣缴端）”。

点击“人员信息采集”和“专项附加扣除信息采集”，填写申报人员的基本信息及专项扣除信息。

综合所得申报：

在“综合所得申报”中填写申报人员的工资薪金金额、社保或公积金专项扣除金额、专项附加扣除等。

税款计算与申报：

点击“税款计算”计算应代扣代缴的个人所得税税额。

点击“发送申报”，申报成功后获取反馈信息。

申报文件上传：

通过电子税务局的“代扣代缴个人所得税”—“个税明细信息上传下载”—“个税明细上传”功能上传申报文件。

申报记录查询：

提交申报并缴纳税款后，可以查询已申报的个税记录。

定期申报与缴税：

完成首次申报后，根据税务机关要求定期报送申报汇总表，并按时缴纳税款。

接受查账和抽查：

定期接受税务机关的查账和抽查，并准备相关材料以便财税审计。

划重点，以上步骤可能因地区或具体操作系统的更新而有所变化。务必参照最新的税务规定和地方税务局的具体指导进行操作。