上海共有复旦大学、同济大学、上海交通大学、华东理工大学、东华大学、华东师范大学、上海外国语大学、上海财经大学、上海大学以及海军军医大学等知名高校入选211工程。具体来看，复旦大学、同济大学和上海交通大学均为教育部直属的综合性985工程和211工程高校；华东理工大学、东华大学和上海财经大学则属于教育部直属的工科和财经类211工程高校；华东师范大学则是教育部直属的师范类985工程和211工程高校；上海大学隶属于上海市教育委员会，为综合性211工程高校；复旦大学上海医学院和上海交通大学医学院则隶属于教育部，为医药类985工程和211工程高校；海军军医大学则隶属于中央军委训练管理部，为综合性211工程高校。