工程合同印花税的缴纳方式如下：

**缴纳地点** ：

- 可以在工程所在地的税务局缴纳。

- 也可以在机构所在地的地税局申报缴纳。

**缴纳时间** ：

- 根据《印花税暂行条例》第七条规定，应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花。

- 也就是说，建筑施工合同应当在合同签订时交印花税。

**缴纳比例** ：

- 建筑安装工程承包合同的印花税税率通常是按照承包金额的万分之三贴花。

- 建设工程勘察设计合同的印花税税率是万分之五。

**缴纳方式** ：

- 可以通过银行缴费，需要提前在税务机关获得施工合同税种代码，然后到当地指定银行办理缴费。

- 也可以通过窗口缴费，需要先到税务机关填写税务部门统一缴款书，再到当地代开发票处印制完全的发票后，再到税务机关的指定窗口缴费。

**注意事项** ：

- 纳税人应根据合同的具体种类和金额，计算应纳税额，并按规定缴纳。

- 如果印花税额不足1角的，免印花税；如果是一角以上的尾数四舍五入。

- 应税合同在签订时纳税义务即已产生，应计算应纳税额并贴花。

- 纳税人应对印花税中几点特殊情况加以重视，如合同金额中包含增值税金额的处理。

请根据具体情况选择合适的缴纳方式和地点，并确保按时缴纳印花税。