马鞍山市拥有两所二本院校，分别是马鞍山学院和皖江工学院。这两所学校均位于安徽省，参与第二批次招生。自2017年起，安徽省的高考本科二批和三批合并为统一的本科二批招生。

马鞍山学院，其前身是安徽工业大学工商学院，创建于2003年6月。该学院由安徽工业大学申办，并经教育部及安徽省人民政府批准成立，是一所独立学院。2014年12月，安徽工业大学与深圳市赛为智能股份有限公司合作，共同举办安徽工业大学工商学院。2019年6月，经教育部批准，安徽工业大学工商学院正式更名为马鞍山学院。学院坐落于马鞍山市当涂县黄池路8号，占地面积达1000亩，交通便利，环境宜人。

皖江工学院位于享有“全国文明城市”称号的安徽省马鞍山市。该学院是经教育部批准，具有学士学位授予权的省属普通本科高校。学校起源于河海大学与江苏大业投资有限公司、无锡市大业房屋建设开发有限公司合作成立的独立学院——河海大学文天学院。2008年5月7日，该学院经教育部批准设立，并于2012年顺利通过学士学位授予权评审，成为学士学位授予单位。2018年，学校经国家教育部评审，成功转设为独立设置的民办本科学校，并更名为皖江工学院。学校占地面积1700亩，设有霍里山和郑蒲港两个校区，校舍建筑面积达40.57万平方米。