公司行政处罚的撤销案底主要可以通过以下几种方式：

**积极整改并申请信用修复** ：

- 针对行政处罚的原因进行积极整改，确保企业运营符合法律法规要求，并提供整改证明。

- 根据中国的相关法律法规，企业可以申请信用修复。具体步骤包括准备材料（如行政处罚决定书、整改报告、证明材料等），向国家企业信用信息公示系统或地方信用办提交信用修复申请，并等待审核。企业也可以联系专业的第三方信用修复机构提供协助。

**行政复议** ：

- 如果企业认为行政处罚决定有误，可以依据《中华人民共和国行政复议法》向上一级行政机关申请行政复议。行政复议成功后，行政处罚记录将被消除。

**满足特定条件后申请消除记录** ：

- 并非所有的行政处罚记录都可以被消除。一些轻微的、对企业影响不大的处罚记录可能会随时间逐渐淡化或被新的记录覆盖。然而，对于严重的、涉及企业核心利益或社会公共利益的处罚记录，可能无法被轻易消除。企业需要仔细研究当地的法律法规，并咨询专业律师或法律顾问的意见，以确定是否有资格申请消除处罚记录。

**通过法定年限自然消除** ：

- 根据相关法规，行政处罚信息自公示之日起届满5年的，记录于企业信用信息公示系统，但不再公示。这意味着，如果企业能够等待足够长的时间，处罚记录可能会自然消除。

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