企业不良记录修复咨询公司的办理手续通常包括以下几个步骤：

**准备申请材料** ：

- 根据不良记录的类型，准备相应的申请材料。

- 司法案件类：营业执照复印件、法人身份证复印件、撤销申请书及理由、结案证明等。

- 行政处罚类：营业执照复印件、法人身份证复印件、信用修复申请表、信用承诺书等，并主动向处罚单位申请撤销记录。

**提交材料并等待审核** ：

- 将准备好的材料提交给相关单位进行审核。

- 司法案件需联系案件办理法官，行政处罚则需联系处罚单位负责人。

**及时补充或修改材料** ：

- 在审核过程中，如遇到材料不全或申请理由不充分的情况，需及时补充或修改申请材料。

**关注审核进度，等待消除** ：

- 耐心等待审核结果。

- 司法案件的消除周期相对较长，一般为30-45个工作日；行政处罚的消除周期相对较短，通常为15个工作日左右。

**履行义务** ：

- 企业在收到行政处罚决定后，必须按照规定缴纳罚款，并履行相关法律义务。

**信用修复申请** ：

- 企业可以通过“信用中国”网站或国家企业信用信息公示系统提交信用修复申请。

**提交信用修复承诺书** ：

- 申请人须向信用网站提供相关身份材料和已履行行政处罚材料，公开做出信用修复承诺，并经信用网站核实后，在最短公示期期满后撤下相关公示信息。

**办理部门** ：

- 企业登记机关所在地市场监管部门。

**办理时限** ：

- 市场监管部门应当自收到申请之日起五个工作日内作出移出决定。

请注意，以上步骤可能因地区和具体情况而有所不同，建议直接咨询当地市场监管部门或专业信用修复咨询公司获取最准确的信息