小个体户无证经营通常由工商行政管理部门负责查处。根据《无证无照经营查处办法》的规定,对于无照经营行为,工商行政管理部门将依法予以取缔,并可能处以罚款。如果无照经营行为触犯了刑法,比如构成非法经营罪等,将依照刑法规定追究刑事责任。