公司土地契税的计算遵循以下步骤和规则：
**确定计税依据** ：
- 计税依据通常包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费、城市基础设施配套费、实物配建房屋等应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
- 如果土地交易价低于当地政府规定的基准地价，则按基准地价计税。
**确定税率** ：
- 契税的税率实行3%~5%的幅度税率。
- 具体税率由各省、自治区、直辖市人民政府根据当地实际情况决定，并需报财政部和国家税务总局备案。
**计算应纳税额** ：
- 应纳税额 = 计税依据 × 税率。
例如，如果公司支付的土地出让金为1000万元，土地交易价款为2000万元，且当地规定的契税税率为4%，则公司应缴纳的契税为：
```
应纳税额 = （土地出让金 + 土地交易价款） × 税率
= （1000万元 + 2000万元） × 4%
= 3000万元 × 4%
= 120万元
```
请根据当地具体规定和实际情况计算应缴纳的契税。需要注意的是，税法和相关政策可能会有更新，计算时应参考最新的法规和政策
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