广东生态工程职业学院设有马克思主义学院、林业工程学院、风景园林学院、园艺与食品学院、艺术与设计学院、旅游与文化学院、信息工程学院、智能制造学院、经济贸易学院、海洋与渔业学院、航海学院、创新创业学院、公共课教学部等多个学院。以下为详细学院名单，供参考。如信息有变动，请以学校最新公布为准。

1. 学院设置：

- 马克思主义学院

- 林业工程学院

- 风景园林学院

- 园艺与食品学院

- 艺术与设计学院

- 旅游与文化学院

- 信息工程学院

- 智能制造学院

- 经济贸易学院

- 海洋与渔业学院

- 航海学院

- 创新创业学院

- 公共课教学部

2. 广东生态工程职业学院简介：

广东生态工程职业学院（Guangdong Eco-Engineering Polytechnic）是经广东省人民政府批准设立，教育部备案的全日制普通高等职业学院。学院前身可追溯至1953年成立的林业部番禺林业学校，后历经多次更名，于2005年正式更名为广东省林业职业技术学校，并增挂广东省生态工程高级职业技术学校牌子。2014年，学院升级为广东省生态工程职业学院，并于2018年12月正式纳入广东省教育厅管理。